在自贸区注册公司的优点：
1、贸易自由：实质是免税，货物在海外及自贸区之间进出、存储自由，免征关税，海关免检；可发展海外代购等业务；
2、货币流通自由：实质是金融开放，利率市场化、汇率自由汇兑、金融产品创新、金融对外开放、离岸金融业务等；
3、注册资金认缴制：比如注册资金100万，最长可在十年后一次性缴清，也可每年缴一部分，在章程里写明认缴金额及年限；
4、营业自由：自贸区内的法无规定业务均可自由行事。
主要看你做什么行业呢？国际贸易这一块自贸区有有优势就是进出口免关税，其他的都是差不多的
本质上在自贸区注册公司与区外公司没什么太大的区别，自贸区公司执照上并不载明注册资本，实收资本，也属于有限责任公司，股东和法人同样承担公司有限责任，自贸区公司享受政府改革红利，自贸区具体优惠方案详情见企业管理官方网站
1、自贸区试行有条件的公司注册资本认缴登记制，除有规定的企业外，其余试行认缴制，不再登记实收资本，也不提交验资报告。
2、自贸区试行有条件的“先照后证”登记制。
取得营业执照即可从事一般生产经营活动;申请从事其他许可经营项目的，应当在领取营业执照及许可证或者批准文件后，方可从事经营活动。
3、自贸区试行企业年度检验制度改为企业年度报告公示制度。
4、自贸区建立经营异常名录制度。
将未按规定期限公示年度报告或者通过登记的住所(经营场所)无法取得联系等的企业载入经营异常名录，并通过市场主体信用信息公示系统向社会公示。
5、自贸区试行新的营业执照样式。
6、外商投资准入试行负面清单备案制。
对外商投资准入特别管理措施列表(负面清单)之外的领域，自贸区内外商投资企业向商务部门或其授权单位备案，并向登记机关申请设立登记。
7、外商投资广告企业试行备案制。
自贸区内申请新设外商投资广告企业或者外商投资企业申请增加广告经营业务的，取消投资方主体资格、广告经营业绩的条件限制，取消投资方成立和运营的年限要求
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